1. РФФИ №19-07-00658 “Разработка новых методов, алгоритмов и сценариев анализа многомерных биологических данных и их программная реализация”.
2. РФФИ №13-07-00315 “Интеллектуальный анализ и комбинирование гетерогенных данных”.

1. Starostin K. V. et al. Creation of an online platform for identification of microorganisms: peak picking or full-spectrum analysis // Frontiers in microbiology. – 2020. – Т. 11.
2. Denis Polunin, Irina Shtaiger, Vadim Efimov (2019). JACOBI4 software for multivariate analysis of biological data // bioRxiv 803684, doi: 10.1101/803684.
   Cytb_DROME.7z HD-GSE_A.7z
3. Ковалева В.Ю., Поздняков А.А., Литвинов Ю.Н., Ефимов В.М. Оценка сопряженности морфогенетических и молекулярно- генетических модулей изменчивости серых полевок Microtus s.l. в градиентных условиях среды // Экологическая генетика. – 2019. – Т. 17. – No 2. – С. 21–34. doi: 10.17816/ecogen17221-34.
   Codons.zip Corr.zip GeoClim.zip M1.zip
4. Vadim M. Efimov, Kirill V. Efimov, Vera Yu. Kovaleva Principal component analysis and its generalizations for any type sequence (pca-seq) // bioRxiv 535112, doi: 10.1101/535112.
   CytB.7z
5. Leonid O. Klimov, Nikita I. Ershov, Vadim M. Efimov, Arcady L. Markel, Olga E. Redina. Genome-wide transcriptome analysis of hypothalamus in rats with inherited stress-induced arterial hypertension // BMC Genetics, January 2016, doi: 10.1186/s12863-015-0307-8.
6. Konstantin V. Starostin, Evgeny A. Demidov, Alla V. Bryanskaya, Vadim M. Efimov, Alexey S. Rozanov & Sergey E. Peltek. Identification of Bacillus strains by MALDI TOF MS using geometric approach // Scientific Reports 5, Article number: 16989, 2015, doi: 10.1038/srep16989.
7. Д.А. Полунин, И.А. Штайгер, В.М. Ефимов Разработка программного комплекса JACOBI 4 для многомерного анализа микрочиповых данных // Вестник НГУ т.12 Вып. 2. – Новосибирск: Редакционно-издательский центр НГУ, 2014. С. 90-98.
8. В.Ю. Ковалева, Ю.Н. Литвинов, В.М. Ефимов. Землеройки (SORICIDAE, EULIPOTYPHLA) Сибири и Дальнего Востока: комбинирование и поиск конгруэнтности молекулярно–генетических и морфологических данных // Зоологический журнал, 2013, том 92, №11, С. 1383–1398.
9. В.М. Ефимов, М.А. Мельчакова, В.Ю. Ковалева. Геометрические свойства эволюционных дистанций // Вавиловский журнал генетики и селекции, 2013. Т. 17. №4/1. С. 202–211.

1. Efimov V. M. et al. The PCA-seq method applied to analyze of the dynamics of COVID-19 epidemic indicators // Journal of Physics: Conference Series. – IOP Publishing, 2021. – Т. 1715. – №. 1. – С. 012025.
2. Efimov V., Efimov K., Kovaleva V. Anchored Bootstrap //2020 Cognitive Sciences, Genomics and Bioinformatics (CSGB). – IEEE, 2020. – С. 32-35.
3. Д.А. Полунин JACOBI 4: базовые алгоритмы многомерного анализа, специальные биоинформатические методы // 52-я Международная научная студенческая конференция МНСК-2014, НГУ, Новосибирск, апр., 2014 г. –Новосибирск, изд-во НГУ, 2014.-С.204.
4. И.А. Штайгер Подсистемы автоматического документирования и поддержки целостности в программном комплексе JACOBI 4 // 52-я Международная научная студенческая конференция МНСК-2014, НГУ, Новосибирск, апр., 2014 г. –Новосибирск, изд-во НГУ, 2014.-С.209.
5. В.Ю. Ковалева, В.М. Ефимов, Ю.Н. Литвинов. Анализ гетерогенных данных в систематике землероек: геометрический подход // Фундаментальные и прикладные исследования и образовательные традиции в зоологии / Материалы Межд. научн. конф., посв. 135-летию ТГУ и 125-летию кафедры зоологии позвоночных и экологии и Зоол. Музея и 20-летию н.-и. лаборатории биоиндикации и и экол. мониторинга ТГУ (ред. Н.С. Москвитина) (15–18 октября 2013 года, Томск). – Томск, Изд. Дом ТГУ, 2013. С. 53, 177.
6. Д.А. Полунин JACOBI 4: базовые алгоритмы многомерного анализа, специальные биоинформатические методы // 51-я Международная научная студенческая конференция «Студент и научно-технический прогресс» (выступление), НГУ, Новосибирск, апр., 2013 г. –Новосибирск, изд-во НГУ, 2013.-С.54.
7. И.А. Штайгер JACOBI 4: архитектура, графический интерфейс // 51-я Международная научная студенческая конференция «Студент и научно-технический прогресс» (выступление), НГУ, Новосибирск, апр., 2013 г. –Новосибирск, изд-во НГУ, 2013.-С.59.
8. И.А. Штайгер, Д.А. Полунин, В.М. Ефимов JACOBI-4 – программно-алгоритмический комплекс для анализа многомерных данных // Труды VI Всероссийской конференции «Актуальные вопросы строительства», Новосибирск: изд-во НГАСУ, 2013.- С. 325–329.
9. И.А. Агбаш Программный комплекс для многомерного анализа микрочиповых данных: реализация функций базы данных и преобразования форматов данных // 50-я Международная научная студенческая конференция «Студент и научно-технический прогресс» (выступление), НГУ, Новосибирск, апр., 2012 г. –Новосибирск, изд-во НГУ, 2012.-С.64.
10. Д.С. Суслопаров, И.А. Агбаш, Д.А. Полунин, И.А. Штайгер Программный комплекс для многомерного анализа микрочиповых данных. Многомерный PLS анализ // 50-я Международная научная студенческая конференция «Студент и научно-технический прогресс» (выступление), НГУ, Новосибирск, апр., 2012 г. –Новосибирск, изд-во НГУ, 2012.-С.123.
11. Д.А. Полунин Программный комплекс для многомерного анализа микрочиповых данных: алгоритмы многомерного анализа // 50-я Международная научная студенческая конференция «Студент и научно-технический прогресс» (выступление), НГУ, Новосибирск, апр., 2012 г. –Новосибирск, изд-во НГУ, 2012.-С.168.
12. И.А. Штайгер Программный комплекс для многомерного анализа микрочиповых данных: интерфейс, входной язык // 50-я Международная научная студенческая конференция «Студент и научно-технический прогресс» (выступление), НГУ, Новосибирск, апр., 2012 г. –Новосибирск, изд-во НГУ, 2012.-С.180.
13. И.А. Агбаш, В.М. Ефимов, Д.А. Полунин, Д.С. Суслопаров, И.А. Штайгер Программно-алгоритмический комплекс для многомерного анализа микрочиповых данных // II Международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика» (сообщение), Новосибирск, ноябрь, 2011 г. –Новосибирск: изд-во СО РАН, 2011.-С.120.

Вадим Ефимов

Научный руководитель

Денис Полунин

Разработка вычислительных модулей комплекса JACOBI4

Ирина Штайгер

Разработка графической оболочки и вычислительных модулей комплекса JACOBI4

Есть вопросы, замечания, предложения? Пишите: support@jacobi4.ru.